Molnár Miklós 1918. október 28-án született. Tanulmányait a Pázmány Péter Tudományegyetemen (1936–1938), az ELTE-n (1955–1956), illetve a genfi egyetem történelem szakán (1958–1963) végezte. 1963-ban Genfben doktorált történelemből. 1945-ben a parasztpárti Szabad Szó munkatársaként dolgozott, később belépett az MKP-ba és a Szabad Nép munkatársa lett. A Nemzet, a Reggel (1937–1939), a Szabad Szó (1945–1947), a Szabad Nép (1947–1950), majd az Irodalmi Újság (1950–1955) szerkesztője. Színházi kritikákat és kulturális témájú cikkeket írt. 1955 februárjában leváltották az Irodalmi Újság éléről. 1956-ban az Irodalomtudományi Intézet munkatársa, bekapcsolódott az írói ellenzék tevékenységébe. 1956. október 29-én a Szabad Nép közölte Válasz a Pravdának című cikkét, amely visszautasította a szovjet pártlap vezércikkét. Részt vett a novemberben illegálisan megszerveződő Magyar Demokratikus Függetlenségi Mozgalomban. 1957. február 2-án hagyta el családjával az országot, Jugoszláviába menekült, ahol egy időre táborba zárták. 1957-től Svájcban él, egy évig munkás volt Zürichben. Közreműködött az 1958 novemberében megjelent, Az igazság a Nagy Imre-ügyben című dokumentumkötet összeállításában. 1959-től a Nagy Imre Politikai és Társadalomtudományi Intézet munkatársa. Néhány cikkét közölte a Londoni Irodalmi Újság, de Molnár nem értett egyet a szerkesztőség politikai irányultságával, melynek következtében később leninistának minősítették. 1963 és 1988 között a Genfi Egyetem Nemzetközi Kapcsolatok Intézetének docenseként diplomáciatörténetet tanított. Könyvének, az Egy vereség diadalának megjelenése az oroszok prágai bevonulásának napjára esett. 1969-től 1985-ig a lausanne-i egyetem tanára. 1995-től az MTA külső tagja. 1997-től a MÚOSZ örökös tagja.